Apacheでバーチャルホストを使用し複数のサイトを１サーバで管理しているときに便利な機能。
例えば、ひとつのサーバで複数のWEBサイトを管理している場合、apacheのコンフィグファイルでバーャルホストを指定し、アクセスを振り分けていることがあります。
それぞれのWEBサイトで読み込むコンフィグファイルを変えたいという要望があります。
php.ini では既に include_pathを指定して、読み込ませたいファイルを見てくれないどうしよう。。。 っていうことがあったとします。
そんなときは、Document rootへ.htaccessを作成し（あれば追記）、そこに下記のように書きます。
php_value include_path ".追加したいパス"
さらに、php.iniで書かれたinclude_pathを上書きする必要があるので、apache のコンフィグで上書きを許可する設定をいれます。
<Directory "/var/www/new/html/">
AllowOverride All
</Directory>
そして service httpd restart をかければおしまいです。