Magento やりたいこと別　各種主要ファイルの場所

プロダクトページを編集するには

appdesignfrontenddefault[採用しているTheme]templatecatalogproductview.phtml

プロダクトリストページを編集するには

appdesignfrontenddefault[採用しているTheme]templatecatalogproductlist.phtml

ヘッダーを編集するには

appdesignfrontenddefaulthellowiredtemplatepagehtmlheader.phtml

フッターを編集するには

appdesignfrontenddefaulthellowiredtemplatepagehtmlfooter.phtml

トップページを編集するには

1.管理画面：コンテンツ管理-ページ　へ行き、左サイドバーの内容をクリック。
HTML編集したい場合は、"SHOW/HIDE EDITOR"をクリックする

左サイドバーを編集する

※3カラムレイアウトの場合
appdesignfrontenddefaulthellowiredtemplatepage3columns.phtml

上記ファイルで下記のように書かれている箇所が左サイドバーを呼び出している

 <div class="col-left sidebar span3"><?php echo $this->getChildHtml('left') ?></div>

この　getChildHtml('left')　で下記のxmlファイルのnameがleftとなっている要素が表示される
appdesignfrontenddefaulthellowiredlayoutcatalog.xml

サイドバーの並び順を変更する

下記のファイル内でafter, before パラメータを編集することによって変更可能。
appdesignfrontenddefaulthellowiredlayoutcatalog.xml

2017/7/11追記：
並び順は特定のxmlファイルの中だけではなく、layoutフォルダに存在するすべてのxmlを横断的に見て順番を決めている。
したがって、順番を変更するときは左サイドバーならControlling Block Order