Magentoでは標準で注文コメント、配送コメント、クレジットメモに改行が入りません。ここのことです。
改行を入れるためにはメールテンプレートを変更する必要があります。
このように書いてある箇所を
[crayon]
{{var comment}}
[/crayon]
このように修正します。
[crayon]
{{var comment|nl2br}}
[/crayon]
できたテンプレートはこんな感じです。
コメントを書く際はbrタグを入れなくても、メール上は改行されますが、管理画面からも改行された状態で見たいと思いますので、下記のようにbrタグをいれることをお勧めします。
メールではこのように表示されます。
